Η εκπαίδευση ενός ειδικευόμενου αντικατοπτρίζεται στο "βιογραφικό" του το οποίο αρχίζει να σχηματίζεται από την πρώτη ημέρα τη; ειδικότητας. Η εκπαίδευση έχει θεωρητικό και πρακτικό μέρος. Ο ειδικευόμενος είναι υποχρεωμένος να καταγράφει ΟΛΕΣ τις εκπαιδευτικές του δραστηριότητες με βάσει τις οποίες θα αξιολογείται κάθε έτος (βλέπε παρακάτω). Οι δραστηριότητες αυτές θα καταγράφονται σε ηλεκτρονικό logbook (www.elogbook.org). Μέσω αυτού δίδεται η δυνατότητα στον υπεύθυνο εκπαίδευσης να ελέγχει την πορεία του κάθε ειδικευόμενου. Θα πρέπει να καταγράφονται όλα τα περιστατικά που βλέπουν στο ΤΕΠ και στα τακτικά ιατρεία, τα εκπαιδευτικά μαθήματα, συναντήσεις και συνέδρια, τα χειρουργεία στα οποία συμμετέχουν με οποιοδήποτε τρόπο (από παρακολούθηση χωρίς να πλυθεί μέχρι αυτόνομος πρώτος βοηθός), τους ασθενείς που χειρίζεται στο τμήμα, τις πράξεις σε άλλες κλινικές κλπ.

Για την εκπαίδευση σε πεδία στα οποία δεν δραστηριοποιείται η Κλινική (π.χ. anti reflux λαπαροσκοπικές επεμβάσεις, λαπαροσκόπηση για οξείες γυναικολογικές παθήσεις κλπ) έχει αναπτυχθεί ένα εκπαιδευτικό δίκτυο με άλλες Κλινικές στις οποίες θα μεταβαίνουν οι ειδικευόμενοι για τη σχετική εκπαίδευση.

Τονίζεται ότι με βάση τις δραστηριότητες που θα είναι καταγραμμένες θα γίνεται η χορήγηση από τον Δντή της Κλινικής του σχετικού πιστοποιητικού στο τέλος της ειδικότητας που είναι απαραίτητο για την προσέλευση στις εξετάσεις της ειδικότητας.